Это сначала нужно определить какая защита использует защищаемая программа. Если защита основана на серийном номере флэш - это можно обойти, изменив номер утилитами для контроллера.
Также, может быть создан скрытый раздел с ключём, здесь можно попробовать снять полный образ флэш.