Эта проблема возникает, если на флэшке испорчена или изменена таблица разделов!
Не путайте форматирование (т.е. создание файловой системы) и создание таблицы разделов!
Для работы (создания и удаления) с разделами на флэш существует масса программ! Например Partition Magic, DiskDrake, Disk manager и т.д., а также куча специальных программ типа BootFlashDos.
Удачи!