Вставляли в передний разъем? Он похоже неправильно подключен к материнке, вот флешки и погорели. Разбирайте флешки и смотрите есть ли предохранитель в цепи питания. Если есть, возможно сгорел только он, если нет - похоже сгорел контроллер.
ЗЫ Можете выложить фотки плат.