Тут всё просто!
Убей таблицу разделов на флэшке и очисти MBR (на флэшке)! Для этого подойдёт почти любая из современных прог для работы с таблицей разделов типа Disk drake или Partition Magic. Также проверь свою систему на вирусы!
Затем создай новую таблицу разделов на флэшке с помощью тех же прог и всё!
Теперь можно форматировать и пользоваться!