Предлагаю обсудить возможность создания загрузочной flash на файловой системе exFAT (http://ru.wikipedia.org/wiki/ExFAT) - как раз специально оптимизированной под сменные накопители (+ большого размера).
Я пока только попадаю на неудачные попытки других.
Я так понимаю, необходима как минимум поддержка этой файловой системы (ФС) на уровне БИОС - иначе ничего не получится.
М-да, GRUB, видимо, пока не умеет работать с этой ф.с. Так что придется ждать, когда в него будет включена поддержка ExFAT.