В вашем случае скорее всего непропай и флэшку нужно пропаять феном или паяльником. А потом шить. Для прошивки - да, нужны соответствующие утилиты. Или можно купить программно-аппаратный комплекс за 30000 рублей (PC3000Flash называется) Но, считаю, что для ремонта одной флэшки он нецелесообразен!
А USB порты не работали - надо было утилиты с их драйверами сразу деинсталировать!