Если это был последней версии акрос, то да, там присутствуют проблемы после форматирования даже с жесткими дисками. Так что не в коем случае нельзя именно в новом акронисе форматировать.
Если все еще получается видеть флешку в акронисе, то удалите на ней все разделы и создайте по новой, НО не форматируйте. После перезагрузки отформатируете в любом Windows.