Спасибо прочитал.
В корне флэшки есть файл bmsvgl.exe. Ни один антивирь ничего подозрительного не обнаружил (проверял на Virus Total). Но мне что-то припоминается, что на похожий файл Каспер ругался как-то.
Пробовал восстановить данные программой PhotoRec, еще до конца результаты ее работы не перебрал, но похоже что ничего не вышло, PhotoRec похоже восстановил файлы, которые когда-то были удалены с флэшки, а поврежденные файлы нет и продублировал нормальные файлы и папки. Будем пробовать предложенный Вами способ.