А как вы предлагаете проверить контроллер?
Отпаять - поставить в тестовую панельку - запустить заводскую тестовую утилиту !
У Вас есть другой вариант?
Например : взять рабочую флэшку с таким-же контроллером - впаять "горячий" контроллер на место рабочего - запустить в тестовом режиме (если получится) - прошить под текущую память (если получится). А если не получится - выкинуть!
Можно еще по другому: отпаять от контроллера все нагрузочные ноги (все выходы)
вообще желательно оставить только питание, резистор на 330 Ом и кварц. И померять темпиратуру - если в норме - то искать где КЗ на выходах! Может оказаться , что флэш-память в пробое, но тогда и она-бы грелась сильно!