Обычно это лечилось CHKDSK через CMD c префиксом /r
можешь загрузиться с CD-life или infra 6.5 к примеру.. там твоя флешка использоваться левыми приложениями не будет не будет, можешь ещё попробовать через AVZ выполнить скрипт по отключению автозапуска с флеш накопителей и других сменных дисков.. может поможет