перед процедурой, проверьте: не назначена ли директория в исключение проверки антивирусом (если назначена, то на время уберите)
итак: Для начала, запустите командную строку от имени администратора.
В командной строке введите следующие команды по порядку (все данные будут удалены):

diskpart
list disk
select disk N (где N — число, соответствующее номеру вашей флешки, будет показано после выполнения предыдущей команды)
attributes disk clear readonly
clean
create partition primary
format fs=fat32 (или format fs=ntfs, если требуется форматировать в NTFS)
assign letter=Z (где Z — буква, которую нужно присвоить флешке)
exit
После этого, закройте командную строку: флешка будет отформатирована в нужной файловой системе и впредь будет форматироваться без проблем.