Для разделения флешки на два раздела можешь использовать одну из следующих утилит:
MiniTool Partition Wizard — удобный и простой интерфейс, отлично работает с USB-накопителями.
AOMEI Partition Assistant — поддерживает создание нескольких разделов на флешке, даже если Windows по умолчанию этого не позволяет.
Rufus — больше подходит для загрузочных флешек, но может помочь в форматировании
Sprunki Game.
DiskGenius — мощный инструмент, работает с разделами любого типа.
Также можешь попробовать через встроенный Disk Management в Windows, но имей в виду, что Windows может отображать только один раздел на флешке.