С помощью SMI SM3257ENAA MPTool V2.5.27 всё-же получилось создать CD-ROM.
Поменял Erase Good Block Only на Erase All Block, не очень помогло - программа в цикле начинала делать Pretest, не продвигаясь дальше. Отключил Pretest, начала ругаться на невозможность форматирования. Отключил и форматирование, и получил флешку с CD-ROM разделом, но не форматируемую. Это было связано с тем, что каким-то невероятным образом неверно распознался объём флешки - в проводнике он был заметно больше фактического. После долгих попыток исправить это флешка стала размером ноль байт.
В итоге запустил перепрошивку с настройками по умолчанию, что помогло вернуть флешку к изначальному состоянию. После этого настройки из моего первого поста перестали приводить к ошибке, и на выходе получилось требуемое - работающая флешка с CD-ROM.