честно говоря, я не понимаю, почему так происходит. Возможно, контроллер, видя большое количество бэдов, начинает всю флеху по умолчанию считать бэдами, а потом отфильтровывает "живые" сектора (это лишь моё предположение, ничем не обоснованное). Попробуй - хуже-то уже не будет)