Обычно это микросхема без возможности чтото там конфигурировать, иногда есть область для заливки прошивки, т.е. предполагалось что возможно будет некоторые функции(очень ограниченные) править прошивкой. Но, большинство контроллеров карт памяти невозможно никак конфигурировать, прошивка там в виде ROM.
Некоторые CF(компакт флеш) с завода идут fixed или removable, поэтому в винде видны как локальный(жесткий) или съемный диск. С другими типами карт не помню, может есть возможность задавать тип с помощью утилит типа bootice, я не занимался этим вопросом, хотя использую miniSD катру в переходнике USB и в биосе это устройство попадает в раздел HDD, бартпе minint\ramboot\wim грузится без проблем.
Картридер надо брать по типу контроллера(современный со всеми протоколами аппаратной поддержки), а то можно налететь на брендовый картридер с хламом внутри и большинство современных карт памяти будут глюкать.