Попробуй поискать для начала даташит на свой контроллер, в начале документа, где расписывают возможности контроллера ищи строки про поддержку autorun Disk, если таковые имеются тогда искать утилиту прошивки этого устройства.
Возможность перешивать кардридеры в принципе есть, но в основном это касается дорогих серий, и прошивается поддержка новых типов карточек(например вышла новая серия SDHC - перешили кардридер для её поддержки), для этого на кардридере должна стоять внутренняя флешпамять которая и держит микропрограмму, но на этой памяти все производители обычно экономят.