Как говорится на вкус и цвет товарищей нет. Я пользуюсь первым способом как самым простым. Программу устанавливать нужно лишь для того (насколько я понял), чтобы она автоматически защищала флешки (записывала autorun.inf), подключаемые к компьютеру. А так достаточно один раз запустить и нажать кнопку, записанный autorun.inf с флешки не удаляется обычным способом, только форматированием. Если же вирус что то и запишет, то запуститься не сможет, ввиду отсутствия нормального autorun.inf. А посторонние папки я и так вижу, удаляю руками или антивирусом, если интересно.