Показал бы свой ini. а то может в нем, в секции [FEATURE_SETTING], не указано EraseAllFirst=1 , а во флэш памяти есть испорченные ячейки (бэды), вот форматирование и срывается.
но это я так.. предполагаю, я не спец, и прогой этой не пользовался никогда