Соберите бартпе с драйверами от чипа USB3.0 установленного в вашем компьютере и все будет нормально с загрузкой.
Возмите другую флешку и проверьте её поведение в биос при перезагрузке компа. Вполне может быть эта ситуация изменится с обновлением биос компьютера, но изза такой мелочи это делать не стоит. Тем более что флешка нормально работает если не оставлять её в порту USB на перезагрузку.
Флешка проживет гораздо больше если использовать её не как постоянно подключенное устройство, а только как съемный носитель информации который после добавления данных отключается от компа.