У меня нечто подобное происходило, из десятка обработок утилитой(моей флешки на IS902) пару-тройку раз выходило что обычный раздел не уменьшался на объем DVD. Решал это переформатированием, пока не получалось как надо.
Странный размер CD-области в 1,23GB. Я в утилите выбирал CD-700, DVD-4700, DVDDL-9400 MB и получались указанные размеры CD\DVD\DVDDL. Соответственно на это значение была меньше обычная часть(от полного объема), за исключением редких случаев, описанных ранее.
При указании в закладке CD\DVD\DVDDL указывал путь к iso файлу не более 300Мб, тогда, после обработки утилитой к разделу CD\DVD\DVDDL обратиться нельзя, выходит сообщение что он не форматирован, но с помощью AIBurn заливал тот образ что нужен. Сейчас остановился на DVD 4700MB и переодически AIBurn-ом подмениваю новый образ.