В этом случае можно предположить 3 варианта:
1. Контроллер некорректно эмулирует CD
2. Контроллер был прошлит неправильно или не до конца
3. БИОС неправильно определяет флешку
Варианты действий:
1. Пойти убиться апстенку, или купить другую флешку
2 и 3. Перепрошить контроллер ещё раз, но с другими параметрами.
Например, сделать загрузочный диск стандартного размера ~ 700 Мб, а оставшуюся флешку поделить на ещё на два раздела.
Так же можно попробовать уменьшить разделы, чтобы они не превышали 4 Гб - это можно сделать где-то в настройках программы при перепрошивке (т.е. указать статичный размер, а остальное место будет пустым).
При этом желательно, чтобы все операции производились на встроенных в материнку USB портах.
Ах, да, забыл сказать, что чипы 6211BA не поддерживают СД эмуляцию в нормальном виде, если судить по документации (см. где-то на предпоследней странице мануала по программе). Т.е. для эмуляции нужен чип на базе 6281