у тебя похоже плавающая неисправность, если флешка завелась, то - работает, вынул/вставил флешку - опять не работает. Наверное алькором пока тут нечего делать, надо получить стабильную работу в целом, здесь, возможно, надо проверять разные варианты, как то плохой пропай, глючный кварц, подпаленные резисторы, нехватка питания(надеюсь подключаешь прямо к порту на материнке? а не в переднюю панель компа или удлинитель). когда коротишь контакты, возможно создаешь броски тока и запускается кварц или контроллер, которому было мало питания. Тут варианты могут быть разные, а то что вначале чипгениус не увидел флешку, так это она просто не включилась.