Установить галку напротив Setup\Mode\Write protect, при этом если в закладке Partition Set ничего не трогать то будет пустой обычный раздел с защитой от записи, объемом: полный размер флешки минус CD-раздел. В Partition Set можно поставить галку напротив Copy to FDisk(first - первый диск), указать каталог, тогда в обычную область запишется содержимое каталога и будет закрято на запись. Если еще в Partition Set сдвинуть бегунок процентов. то получим два раздела в указанном соотношении, тогда можно записать и Copy to SDisk(second - второй диск), и с помощью Write protect установить блокировку записи.
В инструкции по ссылке внизу этого сообщения об этих настройках упоминается. Что же касается убрать обычный раздел после создания CD-раздела, то это надо подбирать версию AlcorMP в которой это происходит автоматом. Явно указать настройки на отключение обычного раздела негде, но выбирая совместимую с оборудованием флешки версию AlcorMP, обычно, находится такая которая тупо не создает обычный раздел после CD, это и будет то что требуется. Посмотри еще на
USBDEV, там админ считает что после создания CD-раздела обычный раздел является "вредным" и даже знает чем это достигается(некие версии сервисных утилит).