Разницы я не вижу, суть в том, что часть своей прошивки контроллер держит в микросхеме памяти, к каком именно месте сказать трудно (в каждом случае может быть разный адрес). Это значит, что при замене контроллера он, соответственно, эти данные не найдёт и может обнулить микруху. Поэтому собственно и выпаивают память с последцющим считыванием на программаторе.
Но это стоит бабла...
Если такой вариант точно отпадает, можно сделать следующее:
1. поставить новый контроллер;
2. замкнуть каналы данных на памяти, для верности все сразу (но только каналы данных, а не тупо все лапки на миросхеме ;-)!!!);
3. подключить к USB;
4. после обнаружения в Windows разомкнуть каналы данных и форматировать фирменной утилитой с опцией High Level Format;
5. попытаться восстановить данные спец. утиллитами.
Других приличных вариантов не вижу...