Привет!
Низкоуровневых утилит для карт памяти вы, скорее всего, не найдете, если и шьют карты памяти то на производстве с помощью программно-аппаратного комплекса. Поэтому выход один, поднимать карты памяти разным шаманством, тут кто во что горазд, то и применяет.
У меня есть опыт использования CF в качестве жесткого диска через IDE и SATA переходники. Иногда в переходнике CF-SATA вдруг происходит сбой при записи данных, тогда CF становится неадекватной, утилиты чекдиск, HP USB Disk Storage Format Tool через картридер ничего сделать не могут. Вставляю CF в IDE переходник и работаю с ней как с жестким диском, удаляю-создаю раздел, форматирую в FAT32, после этого CF работает нормально. Иногда, так же в IDE переходнике накатываю с помощью GHosta ранее изготовленный образ AlcorLive, тоже карточка работает нормально после этого. Дело не в карточке, а в том что контроллер CF-SATA переходника портит карту.
Попробуйте поработать с CF как с жестким диском, некоторые системные платы позволяют определить CF в картридере USB как жесткий диск и тогда в системе появится жесткий диск, с ним можно поработать утилитами для инициализации жесткого дика. Главная задача заставить контроллер фотоаппарата увидеть CF как новое устройство и отформатировать под себя.