Да, дело в винде - она считает, что на съёмных дисках может существовать только один раздел.
Выход - заставить винду считать USB-устройство несъёмным. Это можно сделать.
Качаете архив
USBDisk.rar, распаковываете. В архиве - два файла.
Файл usbdisk.inf необходимо подправить под своё устройство. Подключаете флэшку к компу, открываете ветку реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Enum\USBSTOR и смотрите, какие USB-устройства когда-либо подключались к системе. Например, моя флэшка Transcend JetFlash110 4 Gb имеет такой идентификатор: Disk&Ven_JetFlash&Prod_TS4GJF110&Rev_0.00.
Необходимо в файле usbdisk.inf в разделе [usbdisk_device] добавить следующую строку:
%USBDrive_devdesc% = usbdisk_install,USBSTOR\ИдентификаторВашегоУстройства
Таких строк можно добавлять несколько - для всех USB-устройств, которые вы хотите сделать "жёсткими дисками".
После того, как вы добавили в inf-файл описания для всех ваших USB-устройств, необходимо открыть "Диспетчер устройств", в нём открыть ветку "Дисковые устройства", найти своё устройство, в контекстном меню этого устройства (правая клавиша мыши) выбрать "Обновить драйвер", далее отказаться от поиска в интернете -> "Установка из указанного места" -> "Не выполнять поиск, я сам выберу нужный драйвер" -> "Установить с диска" -> "Обзор" и указываете ваш отредактированный inf-файл. (Файл usbdisk.sys должен быть в том же каталоге, что и usbdisk.inf). После чего выбираете "Convert USB Flash Disk or Flash Card to Fixed disk", нажимаете "Далее" и подтверждаете установку драйвера. После установки драйвера перегружаете компьютер (Скорее всего, Windows сама об этом попросит).
Всё, после перезагрузки все устройства, которые вы указали в inf-файле, будут считаться несъёмными, отображаться в "Моём компьютере" как "Жёсткие диски" и с устройствами (флэшками, картами и т.п.) можно делать всё, что и с обычными дисками - чем угодно размечать, форматировать и т.п.