На флешке постоянно слетает ФС.
вряд-ли это из-за повреждения прошивки контроллера.
Наиболее вероятно:
1) небезопасное отключение
2) проблемы с питанием (удлинитель/передняя панель)
3) расшатанные контакты в разъёмах
Если хотите прошить, то с такой конфигурацией нет проблем в версии 20090828.
даже конфиг готовый есть в архиве JS29F64G08CAMDB_S_I2.cfg
и инструкция есть на главной странице сайта.