Ну это все равно что просить программу, которая сама взломает сервер Пентагона, какими параметрами и особенностями его защита бы не обладала. Конкретная утилита работает с конкретной флешкой, выполняя конкретную функцию -- подготовить фабричную флешку к продаже. Нужен комбайн с доп. возможностями -- обратись к программистам.
ISO -- образ загрузочного CD-диска (установка Windows, WinPE, Linux, что угодно)
IMG -- образ жесткого диска или флешки.
Для работы с IMG можно использовать
CloneDisk. Он может как сохранить в IMG-образ, так и записать из него на флешку. ISO-раздел флешки обновляется ТОЛЬКО через спецутилиту под конкретную флешку (см. раздел Файлы).