Прекрасно понял, сам с этим сталкивался не раз, берешь другую версию алькора и с ней все нормально получается, или добавляешь в образ iso что нибудь еще, меняется размер CD на флешке, и, после этого, появляется второй раздел(не CD). Как только ты вставишь в работающий алькор флешку с CD-разделом, то раздел этот сразу-же перестает быть autorun(и загрузочным), мораль такова - не надо вставлять флешки с CD-разделом в компьютер с запущенным алькором. Или заново пересоздавай раздел, если вставил флешку при работающем алькоре.